Eski cezaevi binasında yer alan müzede Doğa Tarihi, Etnografya, Arkeoloji ve Gladyatörler salonları bulunuyor. Müze, 1992 yılında hayvan ve bitki fosillerinin bulunarak sergilenmek istenmesi üzerine açılmış. Türkiye'nin ilk doğa tarihi müzesi olma özelliğini taşıyan müzedeki fosillerin tarihi 5-9 milyon yıl öncesine dayanıyor. Ayrıca müzede Stratonikeia, Lagina, Cedrai antik kentlerindeki buluntular da yer alıyor. Etnografya ile ilgili olan bölümde ise Muğla'nın çeşitli yörelerinden günlük kullanım eşyalarını ve kıyafetleri görmek mümkün.
